Akademia w Edessie wywodzi się ze szkoły teologicznej w Nisibis, założonej przez św. Jakuba z Nisibis w celu kształcenia perskiego duchowieństwa. Była ważnym ośrodkiem obrony ortodoksji przeciw manicheizmowi i gnostycyzmowi. W późniejszym okresie jej profesorem był św. Efrem Syryjczyk. Wobec zajęcia Nisibis przez Persów w 363 r. przeniósł szkołę do Edessy, gdzie stała się ośrodkiem apologii przeciw arianizmowi czy orygenizmowi, a także innym herezjom. Szkoła ulegała znacznym wpływom szkoły antiocheńskiej. W V wieku jej kierownikiem był Ibas z Edessy, który popadł w błędy nestorianizmu i spierał się w tej sprawie z biskupem miasta, Rabulasem, po śmierci którego został jego następcą. W roku 457 wydalono heretyckich uczniów Ibasa z miasta, a jeden z profesorów szkoły, Narsaj, założył nestoriańską akademię w Nisibis. Szkoła w Edessie została zamknięta w 489 r. z powodu znacznych wpływów nestoriańskich, a jej wykładowcy i studenci przenieśli się do Nisibis. Edessa stała się następnie ważnym ośrodkiem monofizytyzmu. Była też ważnym ośrodkiem akademickim za rządów Torosa z Edessy. Obecnie odnowiona akademia oprócz kwestii teologicznych ma zająć się również badaniami liturgicznymi i tłumaczeniami z języka arabskiego czy syryjskiego.
