Starożytna Jaffa została zbudowana na grzbiecie o wysokości 40 metrów (130 stóp), z szerokim widokiem na linię brzegową, co nadaje jej strategiczne znaczenie w historii wojskowości. Tell Jaffa, stworzony przez nagromadzenie zanieczyszczeń i składowiska na przestrzeni wieków, sprawiły, że wzgórze nawet wyższe. Miasto jako takie powstało najpóźniej około 1800 roku pne.
Jaffa jest wspomniana w liście starożytnego Egiptu z 1440 roku pne. Tak zwana opowieść o zdobyciu Joppy gloryfikuje jej podbój dokonany przez faraona Totmesa III , którego generał Dżhuty ukrył egipskich żołnierzy w workach niesionych przez juczne zwierzęta i wysłał ich zakamuflowanych jako hołd do miasta kananejskiego , skąd żołnierze wyszli i podbili je. Opowieść wyprzedza historię konia trojańskiego , opowiedzianą przez Homera
Jaffa jest wspomniana cztery razy w Biblii Hebrajskiej , jako miasto położone naprzeciw terytorium nadanego hebrajskiemu plemieniu Dana ( Joz 19:46 ), jako miejsce wejścia cedrów Libanu do Świątyni Salomona ( 2 Krl. 2:16) ), jako miejsce, z którego prorok Jonasz wyruszył do Tarszisz ( Jon 1: 3 ) i ponownie jako punkt wejścia cedrów Libanu do Drugiej Świątyni Jerozolimskiej ( Ezd 3: 7 ).
Jaffa jest wymieniona w Księdze Jozuego jako granica terytorialna plemienia Dana. Plemieniu Dana nie udało się wyprzeć Filistynów z Jaffy, ale wielu potomków Dana mieszkało wzdłuż wybrzeża i utrzymywało się ze statków i żeglowania. W „Pieśni o Deborze ” prorokini pyta: „דן למה יגור אוניות”: „Dlaczego Dan mieszka na statkach?”
Po panowaniu Kananejczyków i Filistynów król Dawid i jego syn, król Salomon, podbili Jaffę i wykorzystali jej port, aby sprowadzić z Tyru cedry użyte do budowy Pierwszej Świątyni . Za czasów króla Ezechiasza (חזקיהו), Sennacheryb , król Asyrii , najechał region z Jaffy. Po okresie okupacji babilońskiej , pod panowaniem perskim , Jaffą rządzili Fenicjanie z Tyru. W Jaffie stacjonowały wojska Aleksandra Wielkiego . Później stała się miastem portowym z Seleucydów , dopóki nie został przejęty przez Machabeuszy ( 1 Mch 10: 74-76 ) i rządzone przez dynastię Hasmoneuszy. Według Józefa Flawiusza port w Jaffie był jednak mniejszy od portu w Cezarei .
Podczas pierwszej wojny żydowsko-rzymskiej Jaffa została zdobyta i spalona przez Cestiusza Gallusa . Józef Flawiusz pisze, że zmasakrowano 8400 mieszkańców. Piraci operujący z odbudowanego portu wywołali gniew Wespazjana , który zrównał miasto z ziemią i wzniósł na jego miejscu cytadelę , instalując tam rzymski garnizon.
Nowy Testament wspomina że w Jaffie św. Piotr przywrócił do życia "uczennicę" imieniem Tabita (zapisane w Dziejach Apostolskich , 9: 36-42). Dz 10: 10-23 opowiada, że kiedy Piotr był w Jaffie, miał wizję dużego prześcieradła wypełnionego „czystymi” i „nieczystymi” zwierzętami, które zostały zniesione z nieba, wraz z przesłaniem od Ducha Świętego, który kazał mu towarzyszyć kilku posłańcom do Korneliusza do Cezarei Nadmorskiej.
Po podboju przez Arabów Al-Muqaddasi (ok. 945/946 - 991) opisał Jafę jako „leżącą na morzu, to tylko małe miasteczko, chociaż emporium Palestyny i port Ar Ramlah . Jest chronione przez mocny mur z żelaznymi bramami, a także bramy morskie są z żelaza. Meczet jest przyjemny dla oka i wychodzi na morze. Port jest wspaniały ". Po ponownym podboju przez cesarstwo miasto rozwija się jako główny port Królestwa Jerozolimy.
